Histidinin imidazol yan zinciri fizyolojik pH'ya yakın bir değerde proton alıp verebildiği için bu amino asit hem proteinlerde tampon görevi görür hem de birçok enzimin aktif bölgesinde yer alır.
Amino Asitler ve Proteinler konusu amino asitlerin yan zincirlerine göre sınıflandırılmasını, asit-baz özelliklerini, peptit bağını, proteinin yapı düzeylerini, katlanmayı ve yapı analizinde kullanılan yöntemleri kapsar. Sorular bir yan zincirin kimyasal özelliğini, bir kesme ajanının hangi kalıntıya etki ettiğini ya da katlanmaya yardım eden protein ailelerini sorar.
Seçenekler çoğunlukla amino asit veya protein adlarından oluşur ve doğru cevap yapısal bir ayrıntıyı bilmeye dayanır.
Örnek sorular
Bir şık seç, doğru mu değil mi hemen görürsün — hiçbir şey kaydedilmez, hesap gerekmez.
1. soruOrta
Yan zincirinde kükürt bulunmasına karşın fizyolojik pH’da yüksüz ve apolar özellik gösteren amino asit aşağıdakilerden hangisidir?
Cevabı göster
Cevap: B — Metionin
Kısaca — Metioninin tiyeter kükürdü iyonlaşmadığından yan zinciri fizyolojik pH’da yüksüz ve apolar kalır.
Tiyeter grubunda kükürt iki karbon arasında bağlanmıştır; proton alıp verebilen serbest bir tiyol oluşturmaz. Bu yapı metioninin hidrofobik etkileşimlere katılmasını sağlar.
Neden diğerleri değil
Sistein — Serbest tiyolü kükürt içerse de yan zincire polar özellik kazandırır; bu nedenle apolar sınıfta yer almaz.
Tirozin — Fenolik hidroksili nedeniyle aromatik ancak polar bir amino asittir.
Asparajin — Yan zincirindeki amid grubu yüksüzdür fakat hidrojen bağları kurduğu için polardır.
Histidin — İmidazol halkası proton alışverişine katılabilen polar ve bazik bir gruptur.
Aklında kalsın
Kükürt bulunması tek başına apolarlık göstermez; metionindeki tiyeter ile sistein ve homosisteindeki serbest tiyol ayrılmalıdır.
2. soruOrta
Proteinlerin primer yapısının analizinde kullanılan siyanojen bromür (CNBr), polipeptit zincirindeki peptit bağlarını aşağıdaki amino asit kalıntılarından hangisinin karboksil ucundan spesifik olarak keser?
Cevabı göster
Cevap: B — Metiyonin
Kısaca — Siyanojen bromür, polipeptit zincirinde yalnızca metiyonin kalıntılarının karboksil ucundaki peptit bağlarını spesifik olarak hidrolize eder.
Proteinlerin primer yapısının belirlenmesinde uzun polipeptitler küçük parçalara ayrılır. Metiyoninin yan zincirindeki kükürt atomu, CNBr’nin elektrofilik karbonuna nükleofilik saldırı yapar; sonraki reaksiyonlarla metiyoninin karboksil tarafındaki peptit bağı kırılır ve metiyonin kalıntısı homoserin laktona dönüşür.
Neden diğerleri değil
Triptofan — N-klorosüksinimit veya BNPS-skatol gibi kimyasal ajanlarla C-terminal ucundan kesilir; CNBr triptofana etki etmez.
Lizin — Tripsin enzimi veya endopeptidaz Lys-C tarafından karboksil ucundan kesilir; CNBr lizin kalıntılarını tanımaz.
Aspartat — Endopeptidaz Asp-N tarafından amino ucundan ya da seyreltik asit hidrolizi ile kesilir; CNBr ile parçalanmaz.
Arjinin — Tripsin enzimi tarafından karboksil ucundan spesifik olarak hidrolize edilir; CNBr arjinin kalıntılarını kesmez.
Aklında kalsın
Siyanojen bromür (CNBr) metiyoninin karboksil ucunu, tripsin ise bazik amino asitler olan lizin ve arjininin karboksil ucunu keser.
3. soruKolay
Aşağıdaki protein gruplarından hangisi, yeni sentezlenen polipeptit zincirlerinin doğru üç boyutlu konformasyona katlanmasını kolaylaştırarak uygunsuz agregasyonu önler?
Cevabı göster
Cevap: A — Şaperonlar
Kısaca — Şaperonlar, sentezlenen polipeptitlerin açıkta kalan hidrofobik yüzeylerini örterek yanlış katlanmayı ve agregasyonu önleyen proteinlerdir.
Şaperonlar (örneğin Hsp70 ve şaperoninler), polipeptitlerin nihai üç boyutlu yapısının bir parçasını oluşturmaz; ancak ATP hidrolizi enerjisini kullanarak proteinlerin termodinamik olarak en stabil doğal konformasyonlarına güvenle ulaşmasını sağlar.
Neden diğerleri değil
İmmünoglobulinler — Antijenleri özgül olarak tanıyan ve humoral immünitede görev alan glikoprotein yapılı antikorlardır.
Proteazomlar — Yanlış katlanmış veya ömrünü tamamlamış ubikitinli proteinlerin ATP bağımlı yıkımını gerçekleştiren proteolitik komplekslerdir.
İntegrinler — Hücrelerin hücre dışı matrikse ve diğer hücrelere tutunmasını sağlayan transmembran adhezyon reseptörleridir.
Porinler — Bakteri dış zarı ile mitokondri dış zarında yer alan ve hidrofilik moleküllerin geçişini sağlayan kanal proteinleridir.
Aklında kalsın
Şaperonlar proteinin yapısına katılmaz ve son konformasyonel bilgiyi taşımaz; yalnızca agregasyonu engelleyerek doğru katlanma yolunu kolaylaştırır.
Cepte soru çöz, bağımsız bir çalışma uygulamasıdır; hiçbir sınav kurumu, okul ya da resmî kurumla bağlantılı, bunlarca desteklenen veya onaylanan bir uygulama değildir.
TUS (Tıpta Uzmanlık Eğitimi Giriş Sınavı), ÖSYM tarafından düzenlenen resmî bir sınavdır. Bu uygulama ÖSYM ile bağlantılı değildir.
Uygulamadaki tüm sorular ve metinler Cepte soru çöz için özgün olarak hazırlanmıştır; hiçbir resmî sınavdan alınmamıştır.